Für die Haltung in Aquaponikanlagen kommt eine Vielzahl von Fischarten infrage. Wie so oft gilt, mit entsprechendem Aufwand lässt sich nahezu jede Art in ein System integrieren. Einige Arten haben sich jedoch als besonders prädestiniert herausgestellt. Kriterien für die Eignung einer Fischart sind u.a. Größe, artgerechte Besatzdichte und Toleranz gegenüber Schwankungen von Temperatur und Wasserqualität.
Besonders beliebt aufgrund ihres schnellen Wachstums sind Tilapia und der Afrikanische Raubwels. Diese benötigen durchgehend hohe Wassertemperaturen. Wer einheimische Fische bevorzugt, sollte es mit Schleie, Karpfen oder sogar Zander versuchen. Diese haben den Vorteil, dass sie auch recht große Temperaturschwankungen aushalten können. Insbesondere die Schleie ist sehr temperaturresistent, weil sie bei sehr hohen und sehr niedrigen Temperaturen in ein Art Starre verfällt, die ihr Überleben sichert. Zu einem schnellen Wachstum trägt das natürlich nicht bei. Wenn das Wasser der Aquaponikanlage eine dauerhaft niedrige Temperatur hat, bieten sich Forellen als Besatzfische an.
Es existieren sogar Salzwasseranlagen, sodass Meeresfische wie Doraden gehalten werden können. Die Verwendung von Salzwasser schränkt allerdings die Pflanzenauswahl im hydroponischen Teil der Anlage stark ein. Möglich sind z.B. Algen oder Meeresspargel (Europäischer Queller). Die benötigte Technik ist extrem aufwändig, weshalb solche Anlagentypen für private Anwender ungeeignet sind.
In Aquaponikanlagen kommen aber nicht zwangsläufig nur Speisefische zum Einsatz, da auch Aquarien und Teiche in den Kreislauf eingebunden werden können. So können auch Kois, Goldfische oder exotische Aquarienfische Teil einer Aquaponikanlage sein.
Herkömmliches Fischfutter besteht leider zu einem großen Teil aus Fischmehl und Fischöl, wodurch natürliche Fischbestände weiterhin belastet werden. Besonders nachhaltig wird die Aquaponik, wenn Fische gewählt werden, die sich rein pflanzlich ernähren lassen, wie es beispielsweise bei Tilapia, Karpfen und Schleie der Fall ist.
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